Elle est chargée : 

• de concevoir, élaborer et mettre en oeuvre des programmes de santé conformément  à la politique nationale  de santé définie par  le gouvernement ;
• de coordonner et suivre l'exécution des programmes de santé  relevant de son  domaine   de   compétence  y   compris  les  programmes  de  santé spécifiques;
• d'assurer   le   secrétariat  technique  du  Conseil  national  de   l'hygiène publique;
• d'assister  le  Secrétaire général  dans l'appui  technique  aux  structures déconcentrées du ministère de la santé et dans la coordination des activités des établissements publics hospitaliers et non hospitaliers et des établissements de santé privés.

La Direction générale de la santé comprend : 

• la Direction de la promotion de la santé;
• la Direction de la lutte contre la maladie ;
• la Direction de la prévention par les vaccinations ;
• la Direction de la santé de la famille ;
• la Direction de la nutrition ;
• la Direction des établissements de santé.