Les structures rattachées du Ministère de la santé  sont:
 
-    les Centres hospitaliers universitaires (CHU) ;
-    l'Hôpital national Blaise COMPAORE (HNBC)
-    les Centres hospitaliers régionaux (CHR);
-    l'Office de santé des travailleurs (OST) ;
-    le Laboratoire national de santé publique (LNSP) ;
-    la Centrale d'achat de médicaments essentiels génériques et de consommables   
    médicaux (CAMEG);
-    l'Agence de l'équipement et de la maintenance biomédicale (AGEMAB);
-    Lécole nationale de santé publique (ENSP) ;
-    le Centre national de transfusion sanguine (CNTS) ;
-    le Centre national de recherche et de formation sur Je paludisme (CNRFP);
-    le Centre MURAZ (CM);
-    le Centre de recherche en santé de Nouna (CRSN).