Les structures  de mission sont des structures créées pour exécuter des missions conjoncturelles ou temporaires du Ministère de la santé.
Elles  comprennent  les  projets  et  programmes  de développement,  la Cellule genre, la Cellule environnementale  et le Comité ministériel de lutte contre le SIDA dans le secteur de la santé (CMLS/Santé).